絶滅（EX） 2種
種子植物
| バイカイカリソウ | Epimedium diphyllum |
| ノヤナギ | Salix subopposita |
絶滅危惧ⅠA類（CR） 306種
シダ植物
| ヒモヅル | Lycopodium casuarinoides |
| エゾヒカゲノカズラ | Lycopodium clavatum var. asiaticum |
| スギラン | Phlegmariurus cryptomerinus |
| ミズニラモドキ | Isoëtes pseudojaponica |
| シチトウハナワラビ | Botrychium atrovirens |
| アカハナワラビ | Botrychium nipponicum |
| アカフユノハナワラビ | Botrychium ternatum var. pseudoternatum |
| ナガホノナツノハナワラビ | Botrychium strictum |
| ホクリクハイホラゴケ | Vandenboschia hokurikuensis |
| デンジソウ | Marsilea quadrifolia |
| サンショウモ | Salvinia natans |
| オウレンシダ | Dennstaedtia wilfordii |
| ヒメムカゴシダ | Monachosorum × arakii |
| フジシダ | Monachosorum maximowiczii |
| タキミシダ | Antrophyum obovatum |
| ナカミシシラン | Haplopteris fudzinoi |
| キドイノモトソウ | Pteris kidoi |
| アイコハチジョウシダ | Pteris laurisilvicola |
| ハチジョウシダモドキ | Pteris oshimensis |
| オクタマシダ | Asplenium pseudowilfordii |
| イチョウシダ | Asplenium ruta-muraria |
| ヤクシマホウビシダ | Hymenasplenium obliquissimum |
| ヒメハシゴシダ | Thelypteris cystopteroides |
| ヨコグラヒメワラビ | Thelypteris hattorii |
| コガネシダ | Woodsia macrochlaena |
| イワデンダ | Woodsia polystichoides |
| ハチジョウカグマ | Woodwardia prolifera |
| テバコワラビ | Athyrium atkinsonii |
| トゲカラクサイヌワラビ | Athyrium setuligerum |
| ヒメシケシダ | Deparia petersenii var. yakusimensis |
| ミドリワラビ | Deparia viridifrons |
| イヨクジャク | Diplazium okudairae |
| ヒュウガシダ | Diplazium takii |
| ケキンモウワラビ | Hypodematium glandulosopilosum |
| ツクシカナワラビ | Arachniodes tsutsuiana, nom. nud. |
| ハガクレカナワラビ | Arachniodes yasu-inouei var. yasu-inouei |
| オトコシダ | Arachniodes yoshinagae |
| イズヤブソテツ | Cyrtomium atropunctatum |
| メヤブソテツ | Cyrtomium caryotideum |
| ツクシヤブソテツ | Cyrtomium tukusicola |
| オシダ | Dryopteris crassirhizoma |
| タカサゴシダ | Dryopteris formosana |
| ツクシオオクジャク | Dryopteris handeliana |
| ホソイノデ | Polystichum braunii |
| ホソバヤブソテツ | Polystichum hookerianum |
| オニイノデ | Polystichum rigens |
| オニマメヅタ | Lemmaphyllum pyriformis |
| ホテイシダ | Lepisorus annuifrons |
| コウラボシ | Lepisorus uchiyamae |
| イシガキウラボシ | Lepisorus yamaokae |
| ハゴロモクリハラン | Neolepisorus ensatus f. monstriferus |
| タカノハウラボシ | Selliguea engleri |
種子植物
| サイコクヒメコウホネ | Nuphar saikokuensis |
| キビヒトリシズカ | Chloranthus fortunei |
| オオヤマレンゲ | Magnolia sieboldii subsp. japonica |
| マイヅルテンナンショウ | Arisaema heterophyllum |
| ヒロハテンナンショウ | Arisaema ovale var. sadoense |
| ヤマグチテンナンショウ | Arisaema serratum var. suwoense |
| ミツバテンナンショウ | Arisaema ternatipartitum |
| ウラシマソウ | Arisaema thunbergii subsp. urashima |
| ミカワスブタ | Blyxa leiosperma |
| トチカガミ | Hydrocharis dubia |
| イバラモ | Najas marina |
| オヒルムシロ | Potamogeton natans |
| リュウノヒゲモ | Potamogeton pectinatus |
| カワツルモ | Ruppia maritima |
| ヒナノシャクジョウ | Burmannia championii |
| ホンゴウソウ | Sciaphila nana |
| ウエマツソウ | Sciaphila secundiflora |
| マルバサンキライ | Smilax stans |
| ホソバナコバイモ | Fritillaria amabilis |
| キバナノアマナ | Gagea lutea |
| ヒメユリ | Lilium concolor |
| イワチドリ | Amitostigma keiskei |
| マメヅタラン | Bulbophyllum drymoglossum |
| キリシマエビネ | Calanthe aristulifera |
| ナツエビネ | Calanthe reflexa |
| サルメンエビネ | Calanthe tricarinata |
| ユウシュンラン | Cephalanthera erecta var. subaphylla |
| ササバギンラン | Cephalanthera longibracteata |
| ヒメノヤガラ | Chamaegastrodia sikokiana |
| トケンラン | Cremastra unguiculata |
| カンラン | Cymbidium kanran |
| マヤラン | Cymbidium macrorhizon |
| ナギラン | Cymbidium nagifolium |
| クマガイソウ | Cypripedium japonicum |
| イチヨウラン | Dactylostalix ringens |
| モミラン | Gastrochilus toramanus |
| アキザキヤツシロラン | Gastrodia verrucosa |
| ベニシュスラン | Goodyera biflora |
| ツリシュスラン | Goodyera pendula |
| シュスラン | Goodyera velutina |
| ムカゴソウ | Herminium lanceum |
| クロムヨウラン | Lecanorchis nigricans |
| ギボウシラン | Liparis auriculata |
| フガクスズムシソウ | Liparis fujisanensis |
| セイタカスズムシソウ | Liparis japonica |
| スズムシソウ | Liparis makinoana |
| ササバラン | Liparis paradoxa |
| ムカゴトンボ | Peristylus flagellifer |
| イヨトンボ | Peristylus iyoensis |
| イイヌマムカゴ | Platanthera iinumae |
| ヤマトキソウ | Pogonia minor |
| ヒナチドリ | Ponerorchis chidori |
| ウチョウラン | Ponerorchis graminifolia |
| ヒトツボクロ | Tipularia japonica |
| ショウキラン | Yoania japonica |
| キンバイザサ | Curculigo orchioides |
| エヒメアヤメ | Iris rossii |
| キイイトラッキョウ | Allium virgunculae var. kiiense |
| セトウチギボウシ | Hosta pycnophylla |
| ミズアオイ | Monochoria korsakowii |
| オオミクリ | Sparganium erectum var. macrocarpum |
| ドロイ | Juncus gracillimus |
| ケタガネソウ | Carex ciliatomarginata |
| ヒロハノオオタマツリスゲ | Carex filipes var. arakiana |
| サナギスゲ | Carex grallatoria var. heteroclita |
| ツクバスゲ | Carex hirtifructus |
| ヒロバスゲ | Carex insaniae var. insaniae |
| セトウチスゲ | Carex kagoshimensis |
| アキイトスゲ | Carex kamagariensis |
| テキリスゲ | Carex kiotensis |
| カタスゲ | Carex macrandrolepis |
| ビロードスゲ | Carex miyabei |
| キシュウナキリスゲ | Carex nachiana |
| ジングウスゲ | Carex sacrosancta |
| カンエンガヤツリ | Cyperus exaltatus var. iwasakii |
| カガシラ | Diplacrum caricinum |
| ミスミイ | Eleocharis acutangula |
| ヤリテンツキ | Fimbristylis ovata |
| クロタマガヤツリ | Fuirena ciliaris |
| ミクリガヤ | Rhynchospora malasica |
| ハタベカンガレイ | Schoenoplectus gemmifer |
| ツクシカンガレイ | Schoenoplectus multisetus |
| シズイ | Schoenoplectus nipponicus |
| タイワンヤマイ | Schoenoplectus wallichii |
| マツカサススキ | Scirpus mitsukurianus |
| ミカワシンジュガヤ | Scleria mikawana |
| ケシンジュガヤ | Scleria rugosa |
| コウボウ | Anthoxanthum nitens var. sachalinensis |
| コウヤザサ | Brachyelytrum japonicum |
| ヒゲノガリヤス | Calamagrostis longiseta |
| アオウシノケグサ | Festuca ovina. subsp. coreana |
| ヒロハノドジョウツナギ | Glyceria leptolepis |
| イワタケソウ | Hystrix duthiei subsp. japonica |
| テンキグサ | Leymus mollis |
| オオネズミガヤ | Muhlenbergia huegelii |
| ヒロハノハネガヤ | Stipa coreana var. japonica |
| ハネガヤ | Stipa pekinensis |
| アポイザサ | Sasa samaniana |
| ビッチュウミヤコザサ | Sasa samaniana var. yoshinoi |
| ケスズ | Sasamorpha mollis |
| ヤマキケマン | Corydalis ophiocarpa |
| コウモリカズラ | Menispermum dauricum f. pilosum |
| ルイヨウボタン | Caulophyllum robustum |
| ヤサカブシ | Aconitum nikaii |
| フクジュソウ | Adonis ramosa |
| エンコウソウ | Caltha palustris var. enkoso |
| カザグルマ | Clematis patens |
| クサボタン | Clematis stans |
| トリガタハンショウヅル | Clematis tosaensis |
| シロバナハンショウヅル | Clematis williamsii |
| ミスミソウ | Hepatica nobilis var. japonica |
| オキナグサ | Pulsatilla cernua |
| シマキツネノボタン | Ranunculus sieboldii |
| オトコゼリ | Ranunculus tachiroei |
| フシノハアワブキ | Meliosma arnottiana subsp. oldhamii |
| ベニバナヤマシャクヤク | Paeonia obovata |
| ヤシャビシャク | Ribes ambiguum |
| イワネコノメソウ | Chrysosplenium echinus |
| ツルネコノメソウ | Chrysosplenium flagelliferum |
| ヤマブドウ | Vitis coignetiae |
| ヨコグラブドウ | Vitis saccharifera var. yokogurana |
| ハマビシ | Tribulus terrestris |
| キハギ | Lespedeza buergeri |
| シバネム | Smithia ciliata |
| ヨツバハギ | Vicia nipponica |
| クサボケ | Chaenomeles japonica |
| カワラサイコ | Potentilla chinensis |
| ミツモトソウ | Potentilla cryptotaeniae |
| イワキンバイ | Potentilla dickinsii |
| ヒロハノカワラサイコ | Potentilla niponica |
| クロイチゴ | Rubus mesogaeus |
| サナギイチゴ | Rubus pungens var. oldhamii |
| キビナワシロイチゴ | Rubus yoshinoi |
| チョウセンシモツケ | Spiraea fritschiana var. angulata |
| ツルコウゾ | Broussonetia kaempferi |
| チョクザキミズ | Lecanthus peduncularis |
| ケハンノキ | Alnus japonica var. koreana |
| サワシバ | Carpinus cordata var. cardata |
| タカトウダイ | Euphorbia lasiocaula |
| バッコヤナギ | Salix caprea |
| カワヤナギ | Salix miyabeana subsp. gymnolepis |
| ヒメミヤマスミレ | Viola boissieuana |
| サクラスミレ | Viola hirtipes |
| ホソバシロスミレ | Viola patrinii var. angustifolia |
| マツバニンジン | Linum stelleroides |
| トモエソウ | Hypericum ascyron subsp. ascyron var. ascyron |
| アゼオトギリ | Hypericum oliganthum |
| ミズキカシグサ | Rotala rosea |
| ミヤマタニタデ | Circaea alpina |
| ウスゲチョウジタデ | Ludwigia epilobioides subsp. greatrexii |
| ミズキンバイ | Ludwigia peploides subsp. stipulacea |
| カジカエデ | Acer diabolicum |
| メグスリノキ | Acer maximowiczianum |
| テツカエデ | Acer nipponicum subsp. nipponicum var. nipponicum |
| コウライタチバナ | Citrus nippokoreana |
| タチバナ | Citrus tachibana |
| マンシュウボダイジュ | Tilia mandshurica |
| シコクハタザオ | Arabis serrata var. shikokiana |
| ミツバコンロンソウ | Cardamine anemonoides |
| サデクサ | Persicaria maackiana |
| ヌカボタデ | Persicaria taquetii |
| イシモチソウ | Drosera peltata var. nipponica |
| オオヤマフスマ | Arenaria lateriflora |
| タチハコベ | Arenaria trinervia |
| ヒメケフシグロ | Silene aprica |
| ヒロハマツナ | Suaeda maritima var. malacosperma |
| リュウキュウコザクラ | Androsace umbellata |
| オオツルコウジ | Ardisia walkeri |
| モロコシソウ | Lysimachia sikokiana |
| ツルマンリョウ | Myrsine stolonifera |
| ホザキザクラ | Stimpsonia chamaedryoides |
| クロミノサワフタギ | Symplocos tanakana |
| アカモノ | Gaultheria adenothrix |
| マルバノイチヤクソウ | Pyrola nephrophylla |
| ゲンカイツツジ | Rhododendron mucronulatum var. ciliatum |
| ミヤマムグラ | Galium paradoxum subsp. franchetianum |
| オヤマムグラ | Galium pogonanthum var. trichopetalum |
| コケリンドウ | Gentiana squarrosa. |
| チョウジソウ | Amsonia elliptica |
| クサタチバナ | Vincetoxicum acuminatum |
| ロクオンソウ | Vincetoxicum amplexicaule |
| イヨカズラ | Vincetoxicum japonicum |
| クロバナイヨカズラ | Vincetoxicum japonicum f. puncticlatum |
| ヒロハスズサイコ | Vincetoxicum pycnostelma f. latifolium |
| サワルリソウ | Ancistrocarya japonica |
| ムラサキ | Lithospermum erythrorhizon |
| マメダオシ | Cuscuta australis |
| ハマネナシカズラ | Cuscuta chinensis |
| ヤマホオズキ | Physaliastrum chamaesarachoides |
| アオホオズキ | Physaliastrum japonicum |
| サイゴクイボタ | Ligustrum ibota |
| オオバイボタ | Ligustrum ovalifolium var. ovalifolium |
| ヤナギイボタ | Ligustrum salicinum |
| マルバノサワトウガラシ | Deinostema adenocaulum |
| トウオオバコ | Plantago japonica |
| ハマクワガタ | Veronica javanica |
| シソバウリクサ | Vandellia setulosa |
| フトボナギナタコウジュ | Elsholtzia nipponica |
| ホソバヤマジソ | Mosla chinensis |
| トラノオジソ | Perilla hirtella |
| セトエゴマ | Perilla setoyensis |
| ミズネコノオ | Pogostemon stellatus |
| コナミキ | Scutellaria guilielmii |
| ヤマタツナミソウ | Scutellaria pekinensis var. transitra |
| ミヤマナミキ | Scutellaria shikokiana var. shikokiana |
| エゾニガクサ | Teucrium veronicoides |
| オオナンバンギセル | Aeginetia sinensis |
| ゴマクサ | Centranthera cochinchinensis var. lutea |
| キュウシュウコゴメグサ | Euphrasia insignis. subsp. iinumaevar. kiusiana |
| タチコゴメグサ | Euphrasia maximowiczii var. maximowiczii |
| ツクシコゴメグサ | Euphrasia multifolia var. multifolia |
| ケヤマウツボ | Lathraea japonica var. miqueliana |
| クチナシグサ | Monochasma sheareri |
| ミヤマウメモドキ | Ilex nipponica |
| ソバナ | Adenophora remotiflora |
| ツルギキョウ | Codonopsis javanica subsp. japonica |
| バアソブ | Codonopsis ussuriensis |
| ミツガシワ | Menyanthes trifoliata |
| カワラハハコ | Anaphalis margaritacea subsp. yedoensis |
| ホソバノヤマハハコ | Anaphalis margaritacea subsp. margaritacea var. angustifolia |
| ノッポロガンクビソウ | Carpesium divaricatum var. matsuei |
| チャボシライトソウ | Chionographis koidzumiana |
| アキヨシアザミ | Cirsium dipsacolepis var. calcicola |
| ヤナギアザミ | Cirsium lineare |
| ヨシノアザミ | Cirsium nipponicum var. amplifolium |
| ヒゴタイ | Echinops setifer |
| ウスベニニガナ | Emilia sonchifolia var. javanica |
| イズハハコ | Conyza japonica |
| ホソバニガナ | Ixeridium beauverdianum |
| カワラニガナ | Ixeris tamagawaensis |
| チョウセンヤマニガナ | Lactuca raddeana var. raddeana |
| オタカラコウ | Ligularia fischeri |
| フクオウソウ | Nabalus acerifolius |
| テバコモミジガサ | Parasenecio tebakoensis |
| アキノハハコグサ | Pseudognaphalium hypoleucum |
| キクアザミ | Saussurea ussuriensis var. ussuriensis |
| メナモミ | Sigesbeckia pubescens |
| ハチジョウナ | Sonchus brachyotus |
| ヤマザトタンポポ | Taraxacum arakii |
| クシバタンポポ | Taraxacum pectinatum |
| カンボク | Viburnum opulus var. sargentii |
| ナベナ | Dipsacus japonicus |
| ウスバヒョウタンボク | Lonicera cerasina |
| ヤマヒョウタンボク | Lonicera mochidzukiana var. nomurana |
| キンギンボク | Lonicera morrowii |
| ダイセンヒョウタンボク | Lonicera strophiophora var. glabra |
| マツムシソウ | Scabiosa japonica var. japonica |
| イワツクバネウツギ | Zabelia integrifolia |
| トウキ | Angelica acutiloba subsp. acutiloba |
| イヌトウキ | Angelica shikokiana var. shikokiana |
| ヤマゼリ | Ostericum sieboldii |
| ムカゴニンジン | Sium ninsi |
| ヌマゼリ | Sium suave var. nipponicum |
| カノツメソウ | Spuriopimpinella calycina |
絶滅危惧ⅠB類（EN） 118種
シダ植物
| マンネンスギ | Lycopodium obscurum |
| オオバシナミズニラ | Isoëtes sinensis var. coreana |
| ハマハナヤスリ | Ophioglossum thermale |
| キヨスミコケシノブ | Hymenophyllum oligosorum |
| エダウチホングウシダ | Lindsaea chienii |
| ハコネシダ | Adiantum monochlamys |
| ホソバショリマ | Thelypteris beddomei |
| コウヤワラビ | Onoclea sensibilis var. interrupta |
| ハコネシケチシダ | Athyrium christensenianum |
| ヘイケイヌワラビ | Athyrium eremicola |
| ツクシイヌワラビ | Athyrium kuratae |
| ホウライイヌワラビ | Athyrium subrigescens |
| シマシロヤマシダ | Diplazium doederleinii |
| コクモウクジャク | Diplazium virescens |
| ホソバナライシダ | Arachniodes borealis |
| ナチクジャク | Dryopteris decipiens |
| ヌカイタチシダ | Dryopteris gymnosora |
| ギフベニシダ | Dryopteris kinkiensis |
| キノクニベニシダ | Dryopteris kinokuniensis |
| ワカナシダ | Dryopteris kuratae |
| オワセベニシダ | Dryopteris ryo-itoana |
| リュウキュウイタチシダ | Dryopteris sparsa var. ryukyuensis |
| ホウノカワシダ | Dryopteris shikokiana |
| タチデンダ | Polystichum deltodon |
| アイアスカイノデ | Polystichum longifrons |
| クラガリシダ | Lepisorus miyoshianus |
| イワオモダカ | Pyrrosia hastata |
種子植物
| ササバモ | Potamogeton wrightii |
| ヒメドコロ | Dioscorea tenuipes |
| セトウチホトトギス | Tricyrtis setouchiensis |
| クロヤツシロラン | Gastrodia pubilabiata |
| ウスギムヨウラン | Lecanorchis kiusiana |
| ジガバチソウ | Liparis krameri |
| ニラバラン | Microtis unifolia |
| ジンバイソウ | Platanthera florentii |
| ミズチドリ | Platanthera hologlottis |
| コキンバイザサ | Hypoxis aurea |
| ヒオウギ | Iris domestica |
| ハマタマボウキ | Asparagus kiusianus |
| オオバジャノヒゲ | Ophiopogon planiscapus |
| ヤマトミクリ | Sparganium fallax |
| ヒメミクリ | Sparganium subglobosum |
| クロホシクサ | Eriocaulon parvum |
| イトテンツキ | Bulbostylis densa var. capitata |
| チャシバスゲ | Carex caryophyllea subsp. microtricha |
| ヒナスゲ | Carex grallatoria |
| ミセンアオスゲ | Carex leucochlora var. horikawae |
| ヌカスゲ | Carex mitrata |
| ビロードテンツキ | Fimbristylis sericea |
| オオイヌノハナヒゲ | Rhynchospora fauriei |
| ヒメカンガレイ | Schoenoplectus mucronatus var. mucronatus |
| ミズタカモジグサ | Elymus humidus |
| ウンヌケモドキ | Eulalia quadrinervis |
| キケマン | Corydalis heterocarpa var. japonica |
| ミヤマキケマン | Corydalis pallida var. tenuis |
| ナガミノツルキケマン | Corydalis raddeana |
| トウゴクサバノオ | Dichocarpum trachyspermum |
| シギンカラマツ | Thalictrum actaeifolium |
| エゾユズリハ | Daphniphyllum macropodum subsp. humile |
| シロバナネコノメソウ | Chrysosplenium album var. album |
| チシマネコノメソウ | Chrysosplenium kamtschaticum |
| ヒダボタン | Chrysosplenium nagasei var. nagasei |
| ベンケイソウ | Hylotelephium erythrostictum |
| アオベンケイ | Hylotelephium viride |
| イワレンゲ | Orostachys malacophylla var. iwarenge |
| ウドカズラ | Ampelopsis cantoniensis var. leeoides |
| アマヅル | Vitis saccharifera |
| ミヤマトベラ | Euchresta japonica |
| ヒナノキンチャク | Polygala tatarinowii |
| オオヤマザクラ | Cerasus sargentii var. sargentii |
| テリハキンバイ | Potentilla riparia |
| ゴショイチゴ | Rubus chingii |
| ツシマナナカマド | Sorbus commixta var. wilfordii |
| アコウ | Ficus superba var. japonica |
| ヒゼンマユミ | Euonymus chibae |
| ヒトツバハギ | Flueggea suffruticosa |
| オノエヤナギ | Salix udensis |
| ナガバノスミレサイシン | Viola bissetii |
| ヒナスミレ | Viola tokubuchiana var. takedana |
| ヒカゲスミレ | Viola yezoensis |
| コフウロ | Geranium tripartitum var. tripartitum |
| ウシタキソウ | Circaea cordata |
| ミツデカエデ | Acer cissifolium |
| ツクバネ | Buckleya lanceolata |
| シマヒメタデ | Persicaria tenella |
| アキヨシミミナグサ | Cerastium akiyoshiense |
| サラサドウダン | Enkianthus campanulatus var. campanulatus |
| シャクジョウソウ | Hypopitys monotropa |
| エゾノヨツバムグラ | Galium kamtschaticum var. kamtschaticum |
| ビンゴムグラ | Galium pseudoasprellum var. bingoense |
| イナモリソウ | Pseudopyxis depressa |
| タチカモメヅル | Vincetoxicum glabrum |
| ハシリドコロ | Scopolia japonica |
| シマモクセイ | Osmanthus insularis var. insularis |
| イワギリソウ | Opithandra primuloides |
| シソクサ | Limnophila chinensis subsp. aromatica |
| スズメハコベ | Microcarpaea minima |
| ゴマノハグサ | Scrophularia buergeriana |
| オオヒナノウスツボ | Scrophularia kakudensis var. kakudensis |
| ジュウニヒトエ | Ajuga nipponensis |
| トサムラサキ | Callicarpa shikokiana |
| ジャコウソウ | Chelonopsis moschata |
| キセワタ | Leonurus macranthus |
| マネキグサ | Loxocalyx ambiguus var. ambiguus |
| ヤマジソ | Mosla japonica var. japonica |
| スズコウジュ | Perillula reptans |
| ハナタツナミソウ | Scutellaria iyoensis |
| イヌゴマ | Stachys aspera var. hispidula |
| ハエドクソウ | Phryma leptostachya subsp. asiatica |
| キヨスミウツボ | Phacellanthus tubiflorus |
| ノタヌキモ | Utricularia aurea |
| シデシャジン | Asyneuma japonicum |
| モミジハグマ | Ainsliaea acerifolia var. acerifolia |
| タイシャクアザミ | Cirsium taishakuense |
| ミヤコアザミ | Saussurea maximowiczii |
| タムラソウ | Serratula coronata subsp. insularis |
| アオヤギバナ | Solidago yokusaiana |
| オナモミ | Xanthium strumarium subsp. sibiricum |
絶滅危惧Ⅱ類（VU） 211種
シダ植物
| タチクラマゴケ | Selaginella nipponica |
| ヒロハハナヤスリ | Ophioglossum vulgatum |
| マツバラン | Psilotum nudum |
| ヤシャゼンマイ | Osmunda lancea |
| ツルホラゴケ | Vandenboschia auriculata |
| アカウキクサ | Azolla pinnata |
| クジャクシダ | Adiantum pedatum |
| ヒメミズワラビ | Ceratopteris gaudichaudii var. vulgaris |
| ヒメウラジロ | Cheilanthes argentea |
| シモツケヌリトラノオ | Asplenium boreale |
| カミガモシダ | Asplenium oligophlebium var. oligophlebium |
| コウザキシダ | Asplenium ritoense |
| クモノスシダ | Asplenium ruprechtii |
| イワトラノオ | Asplenium tenuicaule |
| アオガネシダ | Asplenium wilfordii |
| イワヤシダ | Diplaziopsis cavaleriana |
| フクロシダ | Woodsia manchuriensis |
| ホソバシケシダ | Deparia conilii |
| ムクゲシケシダ | Deparia kiusiana |
| ニセヨゴレイタチシダ | Dryopteris hadanoi |
| ヌカイタチシダモドキ | Dryopteris indusiata |
| イヌナチクジャク | Dryopteris integripinnula |
| リョウトウイタチシダ | Dryopteris kobayashii |
| エンシュウベニシダ | Dryopteris medioxima |
| ミヤマクマワラビ | Dryopteris polylepis |
| ツルデンダ | Polystichum craspedosorum |
| オリヅルシダ | Polystichum lepidocaulon |
| カラクサシダ | Pleurosoriopsis makinoi |
| ビロードシダ | Pyrrosia linearifolia |
種子植物
| ヒメコマツ | Pinus parviflora var. parviflora |
| コウヤマキ | Sciadopitys verticillata |
| オモゴウテンナンショウ | Arisaema iyoanum |
| マルミスブタ | Blyxa aubertii |
| スブタ | Blyxa ceratosperma |
| ヤナギスブタ | Blyxa japonica |
| シバナ | Triglochin asiatica |
| コバノヒルムシロ | Potamogeton cristatus |
| キクバドコロ | Dioscorea septemloba |
| ツクバネソウ | Paris tetraphylla |
| バイケイソウ | Veratrum album subsp. oxysepalum |
| ヒナラン | Amitostigma gracile |
| ムギラン | Bulbophyllum inconspicuum |
| エビネ | Calanthe discolor |
| ギンラン | Cephalanthera erecta |
| セッコク | Dendrobium moniliforme |
| タシロラン | Epipogium roseum |
| オニノヤガラ | Gastrodia elata |
| ミズトンボ | Habenaria sagittifera |
| ムヨウラン | Lecanorchis japonica |
| フウラン | Neofinetia falcata |
| サギソウ | Pecteilis radiata |
| ハシナガヤマサギソウ |
Platanthera mandarinorum subsp. mandarinorum var. mandarinorum |
| ヤマサギソウ | Platanthera mandarinorum subsp. mandarinorum var. oreades |
| オオヤマサギソウ | Platanthera sachalinensis |
| コバノトンボソウ | Platanthera tipuloides subsp. nipponica |
| トキソウ | Pogonia japonica |
| クモラン | Taeniophyllum glandulosum |
| カヤラン | Thrixspermum japonicum |
| カキツバタ | Iris laevigata |
| ユウスゲ | Hemerocallis citrina var. vespertina |
| ハマオモト | Crinum asiaticum var. japonicum |
| ユキザサ | Maianthemum japonicum |
| ナガエミクリ | Sparganium japonicum |
| ホソイ | Juncus setchuensis var. effusoides |
| ヤマジスゲ | Carex bostrychostigma |
| ダイセンスゲ | Carex daisenensis |
| センダイスゲ | Carex lenta var. sendaica |
| キノクニスゲ | Carex matsumurae |
| フサスゲ | Carex metallica |
| ヒカゲハリスゲ | Carex onoei |
| アカネスゲ | Carex poculisquama |
| オオイトスゲ | Carex sachalinensis var. alterniflora |
| ベニイトスゲ | Carex sachalinensis var. sikokiana |
| ノスゲ | Carex tashiroana |
| ホソバカンスゲ | Carex temnolepis |
| ヤリハリイ | Eleocharis congesta var. subvivipara |
| エゾハリイ | Eleocharis congesta var. thermalis |
| オオヌマハリイ | Eleocharis mamillata var. cyclocarpa |
| マシカクイ | Eleocharis tetraquetra |
| アオテンツキ | Fimbristylis dipsacea |
| ノハラテンツキ | Fimbristylis pierotii |
| アゼテンツキ | Fimbristylis squarrosa |
| ヒロハノコヌカグサ | Aniselytron treutleri var. japonicum |
| ヒメノガリヤス | Calamagrostis hakonensis |
| ハマムギ | Elymus dahuricus |
| イトスズメガヤ | Eragrostis brownii |
| アズマガヤ | Hystrix duthiei subsp. longearistata |
| トウササクサ | Lophatherum sinense |
| ヌマガヤ | Moliniopsis japonica |
| タツノヒゲ | Neomolinia japonica |
| ウキシバ | Pseudoraphis ukishiba |
| ヒゲシバ | Sporobolus japonicus |
| アソザサ | Sasa asoensis |
| ジロボウエンゴサク | Corydalis decumbens |
| オオバメギ | Berberis tschonoskyana |
| タンナトリカブト | Aconitum japonicum subsp. napiforme |
| ルイヨウショウマ | Actaea asiatica |
| バイカオウレン | Coptis quinquefolia |
| ヤマモガシ | Helicia cochinchinensis |
| フッキソウ | Pachysandra terminalis |
| ヤマシャクヤク | Paeonia japonica |
| カツラ | Cercidiphyllum japonicum |
| コガネネコノメソウ | Chrysosplenium pilosum var. sphaerospermum |
| ヤグルマソウ | Rodgersia podophylla |
| ミツバベンケイソウ | Hylotelephium verticillatum |
| ツメレンゲ | Orostachys japonica |
| メノマンネングサ | Sedum japonicum subsp. japonicum var. japonicum |
| タコノアシ | Penthorum chinense |
| タチモ | Myriophyllum ussuriense |
| フサモ | Myriophyllum verticillatum |
| ユクノキ | Cladrastis sikokiana |
| ヒメノハギ | Codariocalyx microphyllus |
| シバハギ | Desmodium heterocarpon |
| オオバヌスビトハギ | Hylodesmum laxum |
| イヌハギ | Lespedeza tomentosa |
| ナンテンハギ | Vicia unijuga |
| ヒナノカンザシ | Salomonia ciliata |
| アズキナシ | Aria alnifolia |
| シモツケソウ | Filipendula multijuga |
| ツチグリ | Potentilla discolor |
| ハスノハイチゴ | Rubus peltatus |
| ナガボノシロワレモコウ | Sanguisorba tenuifolia var. tenuifolia |
| ナガボノアカワレモコウ | Sanguisorba tenuifolia var. tenuifolia |
| ナンキンナナカマド | Sorbus gracilis |
| イワガサ | Spiraea blumei |
| キビシモツケ | Spiraea dasyantha |
| ドロノシモツケ | Spiraea japonica var. ripensis |
| ヨコグラノキ | Berchemiella berchemiifolia |
| クロウメモドキ | Rhamnus japonica var. decipiens |
| オヒョウ | Ulmus laciniata |
| カカツガユ | Maclura cochinchinensis var. gerontogea |
| コケミズ | Pilea peploides var. peploides |
| サクラバハンノキ | Alnus trabeculosa |
| コミヤマスミレ | Viola maximowicziana |
| アケボノスミレ | Viola rossii |
| シコクスミレ | Viola shikokiana |
| フモトスミレ | Viola sieboldii |
| サンインスミレサイシン | Viola vaginata var. satomii, nom. nud. |
| タニタデ | Circaea erubescens |
| アサノハカエデ | Acer argutum |
| ヒナウチワカエデ | Acer tenuifolium |
| モクゲンジ | Koelreuteria paniculata |
| ハマボウ | Hibiscus hamabo |
| ラセンソウ | Triumfetta japonica |
| ミズタガラシ | Cardamine lyrata |
| オオバヤドリギ | Taxillus yadoriki |
| ハルトラノオ | Bistorta tenuicaulis var. tenuicaulis |
| ヒメタデ | Persicaria erectominor |
| マダイオウ | Rumex madaio |
| コモウセンゴケ | Drosera spathulata |
| ワチガイソウ | Pseudostellaria heterantha |
| フシグロセンノウ | Silene miqueliana |
| オオヤマハコベ | Stellaria monosperma var. japonica |
| ヤナギイノコヅチ | Achyranthes longifolia |
| ギンバイソウ | Deinanthe bifida |
| マルバウツギ | Deutzia scabra |
| トキワガキ | Diospyros morrisiana |
| カンザブロウノキ | Symplocos theophrastifolia |
| ハクウンボク | Styrax obassia |
| ホツツジ | Elliottia paniculata |
| ヒロハドウダンツツジ | Enkianthus perulatus f. japonicus |
| ギンリョウソウモドキ | Monotropa uniflora |
| ホンシャクナゲ | Rhododendron japonoheptamerum var. hondoense |
| レンゲツツジ | Rhododendron molle subsp. japonicum |
| アラゲナツハゼ | Vaccinium ciliatum |
| ナガバジュズネノキ | Damnacanthus giganteus |
| クルマムグラ | Galium japonicum |
| ルリミノキ | Lasianthus japonicus var. japonicus |
| オオキヌタソウ | Rubia chinensis f. mitis |
| ヤマトグサ | Theligonum japonicum |
| イヌセンブリ | Swertia tosaensis |
| チトセカズラ | Gardneria multiflora |
| イケマ | Cynanchum caudatum var. caudatum |
| ツクシガシワ | Vincetoxicum macrophyllum var. macrophyllum |
| オオルリソウ | Cynoglossum furcatum var. furcatum |
| タチカメバソウ | Trigonotis guilielmii |
| イガホオズキ | Physaliastrum echinatum |
| ヤマホロシ | Solanum japonense var. japonense |
| アオダモ | Fraxinus lanuginosa f. serrata |
| シオジ | Fraxinus platypoda |
| ヒナノウスツボ | Scrophularia duplicatoserrata |
| オウギカズラ | Ajuga japonica |
| オオマルバノテンニンソウ | Comanthosphace stellipila var. radicans |
| エゾシロネ | Lycopus uniflorus |
| ミゾコウジュ | Salvia plebeia |
| ホソバママコナ | Melampyrum setaceum var. setaceum |
| シオガマギク | Pedicularis resupinata subsp. oppositifolia var. oppositifolia |
| スズムシバナ | Strobilanthes oligantha |
| ニシヨモギ | Artemisia indica var. indica |
| ハマベノギク | Aster arenarius |
| ヒメシオン | Aster fastigiatus |
| ミヤマヨメナ | Aster savatieri var. savatieri |
| シンジュギク | Aster savatieri var. pygmaeus |
| ホソバガンクビソウ | Carpesium divaricatum var. abrotanoides |
| コバナガンクビソウ | Carpesium faberi |
| オキノアブラギク | Chrysanthemum okiense |
| シロバナニガナ |
Ixeridium dentatum subsp. nipponicum var. albiflorum f. leucanthum |
| タカサゴソウ | Ixeris chinensis subsp. strigosa |
| ノニガナ | Ixeris polycephala |
| オオモミジガサ | Miricacalia makinoana |
| ウスゲタマブキ | Parasenecio farfarifolius var. farfarifolius |
| ニシノヤマタイミンガサ | Parasenecio yatabei var. occidentalis |
| カシワバハグマ | Pertya robusta var. robusta |
| ヒメヒゴタイ | Saussurea pulchella |
| カンサイタンポポ | Taraxacum japonicum |
| オオニワトコ | Sambucus racemosa subsp. sieboldiana var. major |
| オオミヤマガマズミ | Viburnum wrightii var. stipellatum |
| ケヤマウコギ | Eleutherococcus divaricatus |
| オカウコギ | Eleutherococcus spinosus var. japonicus |
| ハナビゼリ | Angelica inaequalis |
| ミシマサイコ | Bupleurum stenophyllum var. stenophyllum |
準絶滅危惧（NT） 78種
シダ植物
| ミズニラ | Isoëtes japonica |
| ホウビシダ | Hymenasplenium hondoense |
| トガリバイヌワラビ | Athyrium iseanum var. angustisectum |
| ハチジョウベニシダ | Dryopteris caudipinna |
| タニヘゴ | Dryopteris tokyoensis |
| ヒメサジラン | Loxogramme grammitoides |
種子植物
| エビアマモ | Phyllospadix japonicus |
| イトモ | Potamogeton berchtoldii |
| イトクズモ | Zannichellia palustris |
| キエビネ | Calanthe striata |
| キンラン | Cephalanthera falcata |
| カキラン | Epipactis thunbergii |
| ミヤマウズラ | Goodyera schlechtendaliana |
| クモキリソウ | Liparis kumokiri |
| ノカンゾウ | Hemerocallis fulva var. disticha |
| ヒメヤブラン | Liriope minor |
| アワボスゲ | Carex brownii |
| サワヒメスゲ | Carex mira |
| タガネソウ | Carex siderosticta |
| アオガヤツリ | Cyperus nipponicus |
| ヒメアオガヤツリ | Cyperus pygmaeus |
| ミカヅキグサ | Rhynchospora alba |
| ヒメコヌカグサ | Agrostis valvata |
| ミチシバ | Melica onoei |
| スズメノコビエ | Paspalum scrobiculatum var. orbiculare |
| アワガエリ | Phleum paniculatum |
| ツゲ | Buxus microphylla var. japonica |
| コウヤミズキ | Corylopsis gotoana |
| マンサク | Hamamelis japonica |
| オグラノフサモ | Myriophyllum oguraense |
| マキエハギ | Lespedeza virgata |
| バクチノキ | Laurocerasus zippeliana |
| イヌザクラ | Padus buergeriana |
| ヤナギイチゴ | Debregeasia orientalis |
| オオコマユミ | Euonymus alatus var. rotundatus |
| ツルオオバマサキ | Euonymus japonicus var. radicifer |
| ウメバチソウ | Parnassia palustris var. palustris |
| ヒゴスミレ | Viola chaerophylloides var. sieboldiana |
| ハウチワカエデ | Acer japonicum |
| ミヤマシキミ | Skimmia japonica |
| シナノキ | Tilia japonica |
| ユリワサビ | Eutrema tenue |
| コイヌガラシ | Rorippa cantoniensis |
| ハマサジ | Limonium tetragonum |
| サイコクヌカボ | Persicaria foliosa var. nikaii |
| ヤナギヌカボ | Persicaria foliosa var. paludicola |
| コギシギシ | Rumex dentatus subsp. nipponicus |
| ノリウツギ | Hydrangea paniculata |
| ウメガサソウ | Chimaphila japonica |
| オオハシカグサ | Neanotis hirsuta var. glabra |
| ムラサキセンブリ | Swertia pseudochinensis |
| スズサイコ | Vincetoxicum pycnostelma |
| エゾオオバコ | Plantago camtschatica |
| イヌノフグリ | Veronica polita var. lilacina |
| ホナガタツナミソウ | Scutellaria laeteviolacea var. maekawae |
| カリガネソウ | Tripora divaricata |
| ミゾホオズキ | Mimulus nepalensis |
| ハマウツボ | Orobanche coerulescens |
| ヒメタヌキモ | Utricularia minor |
| ムラサキミミカキグサ | Utricularia uliginosa |
| オギノツメ | Hygrophila salicifolia |
| フウリンウメモドキ | Ilex geniculata var. geniculata |
| サワギキョウ | Lobelia sessilifolia |
| キキョウ | Platycodon grandiflorus |
| アサザ | Nymphoides peltata |
| イヌヨモギ | Artemisia keiskeana |
| ダルマギク | Aster spathulifolius |
| ヒメガンクビソウ | Carpesium rosulatum |
| ヤナギタンポポ | Hieracium umbellatum |
| ホソバオグルマ | Inula linariifolia |
| ホクチアザミ | Saussurea gracilis |
| キビシロタンポポ | Taraxacum hideoi |
| 仮称オオクシバタンポポ | Taraxacum sp. |
| ウラギク | Tripolium pannonicum |
| ハクサンボク | Viburnum japonicum var. japonicum |
| オトコヨウゾメ | Viburnum phlebotrichum |
| サケバゼリ | Oenanthe javanica var. japonica |
| ヒカゲミツバ | Spuriopimpinella koreana |
情報不足（DD） 31種
種子植物
| サガミトリゲモ | Najas foveolata |
| イトトリゲモ | Najas gracillima |
| トリゲモ | Najas minor |
| オオトリゲモ | Najas oguraensis |
| ナガトイトラッキョウ | Allium sp. |
| アリマイトスゲ | Carex alterniflora var. arimaensis |
| ツルナシオオイトスゲ | Carex tenuinervis |
| カガミナンブスズ | Neosasamorpha kagamiana |
| オオシダザサ | Neosasamorpha oshidensis |
| ケナシカシダザサ | Neosasamorpha oshidensissubsp. glabra |
| オモエザサ | Neosasamorpha pubiculmis |
| タキザワザサ | Neosasamorpha takizawana |
| チトセナンブスズ | Neosasamorpha takizawana var. lasioclada |
| イヌトクガワザサ | Sasa scytophylla |
| トクガワザサ | Sasa tokugawana |
| クテガワザサ | Sasa heterotricha |
| オオバザサ | Sasa megalophylla |
| チマキザサ | Sasa palmata |
| クマイザサ | Sasa senanensis |
| チュウゴクザサ | Sasa veitchii var. tyugokensis |
| ジョウボウザサ | Sasaella bitchuensis |
| グジョウシノ | Sasaella bitchuensis var. tashirozentaroana |
| メオニグジョウシノ | Sasaella caudiceps var. psilovaginula |
| ヤブザサ | Sasaella hidaensis var. iwatekensis |
| タンゴシノ | Sasaella leucorhoda var. leucorhoda |
| ミドウシノ | Sasaella midoensis |
| アズマザサ | Sasaella ramosa |
| モンゴリナラ | Quercus mongolica |
| ブンゴウツギ | Deutzia zentaroana |
| クロミノニシゴリ | Symplocos paniculata |
| ワタヨモギ | Artemisia gilvescens |